IMPORTANTE (noviembre 2017): Este artículo ha sido superado por el libro LyX, la otra forma de escribir.
El paquete hyperref permite configurar la salida a PDF de documentos 
LyX permite configurar varias opciones del paquete Hyperref simplemente seleccionando algunas casillas de control, mientras que las otras opciones (como el elegir los colores particulares de los enlaces) se pueden configurar escribiendo algunos parámetros en una línea de texto.
Si vamos a Documento → Configuración → Propiedades PDF nos encontramos con los siguientes menús
Como puede verse de las capturas, la pestaña General nos permite no solo activar el paquete Hyperref para ese documento sino también establecer las propiedades generales del PDF que se generará, como establecer nombre, autor, si el PDF debe abrirse a pantalla completa, etcétera.
En la pestaña Hiperenlaces vemos algunas opciones del paquete Hyperref, como colorear los enlaces… pero no tenemos una opción gráfica para seleccionar los colores.
En ambas capturas vemos una caja llamada Opciones adicionales: es allí donde deben escribirse, separadas por comas, las opciones de Hyperref que no pueden configurarse gráficamente.
Como ejemplo, es posible determinar el color de los distintos tipos de enlace.
citecolor fija el color de los enlaces a la bibliografía
filecolor fija el color de los enlaces a archivos
linkcolor fija el color de los enlaces internos del documento (referencias cruzadas, índice)
urlcolor fija el color de los enlaces a direcciones web
Para más opciones, se puede consultar la documentación del paquete Hyperref que suele instalarse en
/usr/share/texmf/doc/latex/hyperref/manual.pdf
Escribiendo por ejemplo,
citecolor=cyan,filecolor=green,linkcolor=red,urlcolor=blue
en Opciones adicionales tendremos algo como la siguiente captura
Como último comentario, recuerde el lector que desde hace ya varias versiones en LyX existe una herramienta gráfica para insertar enlaces externos, por lo que no es necesario utilizar una caja 
El Pingüino Tolkiano 